1. DREWNIANY XIII-XV w.
Kościół Św. Mikołaja powstał w połowie XIII w. z fundacji założyciela miasta Inowrocławia, księcia Kujaw Kazimierz Konradowicza. Był zbudowany z drewna. Krótkie były dzieje tej świątyni, bo już w 1259 r. spłonął na skutek najazdu księcia pomorskiego Świętopełka. Odbudowana najprawdopodobniej również w drewnie przetrwała dwa następne wieki


2. MUROWANY - PÓŹNOGOTYCKI XV-XVIII w.
Najazd Krzyżaków w 1430 r. zniszczył doszczętnie miasto i kościół. W ramach odbudowy wzniesiono w cegle 3-nawową farę w stylu późnogotyckim. Według przekazu z 1520 r. znajdowały się w niej następujące ołtarze: główny - Św. Trójcy z zasłoną Św. Mikołaja, boczne - Zwiastowania NMP, Św. Krzyża z zasłoną Św. Zofii, ścięcia Św. Jana Chrzciciela i Św. Anny. W 1729 r. w wielkim ołtarzu znajdował się obraz Wniebowzięcia NMP, szereg bocznych zwiększył się o ołtarz Św. Norberta z zasłoną Św. Walentego. W tym okresie fundowano dla kościoła dzwony (1607 i 1713) i organy (1730).


3. BAROKOWY XVIII w.
Rozpad kościoła w 1760 r. skłonił do podjęcia gruntownej restauracji. Przeprowadzona w 1765 r. nadała wnętrzu znamiona stylu barokowego. Prezbiterium otrzymało pułap deskowy, nawy boczne belkowy. Jedynie zakrystia zachowała dawny styl gotycki z ostrołukowym sklepieniem, gwiaździsto-krzyżowym, choć na zewnątrz nadano jej rysy renesansowe. Mury podparto gotyckimi szkarpami.


4. SKŁADNICA SOLI I ŻYWNOŚCI XVIII/XIX w.
Tragedię narodu spowodowaną utratą niepodległości dzieliła fara w swoisty sposób - pozbawiono ją charakteru domu Bożego. Prusacy zmienili ją w 1779 r. na składnicę soli, płacąc tytułem odszkodowania 9 talarów rocznie. W czasach wojen napoleońskich służyła fara jako magazyn żywności. W takiej sytuacji następował szybko proces niszczenia.


5. RESTAURACJA XIX/XX w.
Po gruntownym odnowieniu wnętrza w latach 1820-1828 przywrócono w kościele służbę Boża. W ramach dalszej restauracji w połowie XIX w. odmalowano wnętrze, zmieniono gotyckie okna na barokowe (1847), do frontonu dobudowano trzy zębate szczyty (1855). Zabiegi konserwatorskie z końca XIX w. dały dalszą wewnętrzną odnowę, nowe organy (1886) i pokrycie w podwójnej dachówce (1894). Ostatnia restauracja z 1928 r. utrzymała wnętrze w stylu barokowym z obecnym rozmieszczeniem ołtarzy: główny - Św. Mikołaja, boczne - Św. Krzyża, Matki Boskiej Boreckiej, Rodziny NMP (Św. Anny) z obrazem Św. Józefa, Matki Boskiej Różańcowej z zasłoną Najśw. Serca Pana Jezusa, Zwiastowania NMP, Św. Antoniego.

Wydarzenia historyczne w Farze

1. 10 lutego 1321 arcybiskup gnieźnieński Janisław ogłosił wobec delegatów polskich i krzyżackich wyrok papieża Jana XXII skazujący Zakon na zwrot Polsce zagrabionego Pomorza oraz zapłacenie odszkodowania w sumie 30.000 grzywien i kosztów procesu.

2. W 1397 r. królowa Jadwiga pertraktowała z Wielkim Mistrzem krzyżackim Konradem von Jungingen w sprawie pokojowego zlikwidowania sporu.

3. 22 maja 1775 r. społeczeństwo Inowrocławia i Kujaw złożyło hołd wierności królowi pruskiemu Fryderykowi II. Działo się to na mocy traktatu pierwszego rozbioru Królestwa Polskiego.

4. Od 18 lipca 1941 do końca II wojny światowej, pod posadzką zakrystii, ukrywane były Relikwie Św. Wojciecha z Gniezna. Relikwie przewiózł z Gniezna od Ks. Edwarda van Bleriqa (wikariusza generalnego archidiecezji gnieźnieńskiej) do ks. Paula Mattauscha (proboszcza fary inowrocławskiej) Urban Thelen – podoficer Wehrmachtu.

Fara w organizacji parafialnej

1. KOŚCIÓŁ FILIALNY XIII-XV w.
W pierwszym okresie istnienia, od XIII do XV w. była fara kościołem filialnym. Podlegała kościołowi parafialnemu Inowrocławia Imienia NMP, fundowanym prawdopodobnie na przełomie XI/XII w. zwanym po pożarze w 1834 r. "Ruiną" (odbudowanym w 1901 r. w dawnym stylu romańskim).


2. KOŚCIÓŁ PARAFIALNY od XVI w.
Od wieku XVI występował kościół Św. Mikołaja jako jedyny parafialny dla miasta Inowrocławia i przyległych wiosek. Tym samym zmienił się charakter pierwszego kościoła Inowrocławia - Imienia NMP, stał się on kościołem filialnym. W tym okresie obok fary i kościoła filialnego służyły wiernym miasta i okolic w charakterze pomocniczym następujące domy Boże: klasztor i kościół OO Franciszkanów (1239-1872), kościół Świętego Ducha ze szpitalem (1268-1802) przy bramie toruńskiej, kościół Św. Józefa przy ul. Szerokiej, kaplica Św. Jerzego przy ulicy o tej samej nazwie, kościół Bożego Ciała w obrębie Starego Miasta obok romańskiego Imienia NMP, kościół Św. Jakuba (?-1853) przy bramie bydgoskiej, kaplica Św. Krzyża przed bramą poznańsko-strzelińską, kaplica Św. Zofii (dziś wieża wodociągowa), kościół Matki Bożej przy zbiegu dzisiejszych ulic: Marulewskiej i Szymborskiej. Istniały też w mieście dwie świątynie innych wyznań: synagoga żydowska pierwotnie drewniana, potem murowana przy ul. Wałowej, w końcu nowa wybudowana w 1908 r. przy ul Solankowej, którą rozebrali hitlerowcy oraz zbór ewangelicki wybudowany w 1863 r. (przejęty w 1945 r. przez katolików i poświęcony p.w. Św. Krzyża).


3. MACIERZ 4 nowych parafii 1922 i 1933
Wzrastającą na przełomie XIX i XX w. w liczbę wiernych parafię farną podzielono: w 1922 r. erygowano parafię Zwiastowania NMP przy kościele wzniesionym w l. 1898-1900 (z przerwą w użytkowaniu w l. 1909-1929 na skutek zapadnięcia się bocznej ściany), Św. Józefa z kościołem budowanym od 1936 r. (po rozbiórce przez hitlerowców budowanym od fundamentów w l. 1945-1952), Św. Antoniego w Szymborzu z kaplicą publiczną. W uzupełnieniu tego podziału kościelnego w 1933 r. utworzono parafię w Mątwach przy wybudowanym w 1931 r. kościele Opatrzności Bożej. Duszpasterstwu młodzieżowemu służył kościół romański Imienia NMP a wojskowemu kościół Św. Barbary i Św. Maurycego (fundowany w 1928 r.).


4. CZASY WSPÓŁCZESNE
W okresie powojennym nastąpiły kolejne podziały kościelne: parafia Św. Krzyża (1971), parafia Imienia NMP (reerekcja 1980), parafia Świętego Ducha (1980) na Osiedlu Piastowskim, parafia Św. Królowej Jadwigi (1983) i parafia Chrystusa Miłosiernego (1993) na Osiedlu Rąbińskim.